Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 2 Barito Kuala sudah cukup tua, karena nama Madrasah Aliyah Negeri (MAN) adalah peralihan MA Al Azhar Pulau Sugara yang didirikan Secara Resmi pada tanggal 18 Juli 1988 yang pada saat itu masih berstatus Swasta, Setelah keluar KMA Nomor 107 Tahun 1997 tanggal 17 Maret 1997 barulah Madrasah ini menjadi Madrasah Negeri dan Bernama MAN 2 Marabahan.
Setelah itu keluar lagi KMA Nomor 671 Tahun 2016 Tanggal 17 November 2016 MAN 2 Marabahan mengalami perubahan nama menjadi MAN 2 Barito Kuala sampai dengan sekarang.